Rukopisi
Rukopisnu građu u fondu Knjižnice čine rukopisi (rukom pisane knjige), pisma (korespondencija), rukopisne karte, rukopisne note i rukopisne ostavštine značajnih pojedinaca i ustanova.
Rukopisna građa čuva se u posebnim zbirkama NSK, a dio fonda rukopisne građe je digitaliziran i dostupan na tematskom portalu Digitalizirana rukopisna građa.
Glagoljski rukopisi

Među osobito vrijednim glagoljskim rukopisima iz fonda NSK izdvajaju se Vinodolski zakonik (prijepis na pergameni) s početka 16. stoljeća, Mavrov brevijar na pergameni iz 1460. godine, Petrisov zbornik (prijepis na papiru) iz 1468. godine, Vrbnički statut (prijepis na pergameni) iz 16. stoljeća i Istarski razvod (prijepis na papiru) iz 16. stoljeća. Poljičkom bosanicom pisan je, uz nekoliko drugih rukopisa, još i Poljički statut (17. st., papir).
Digitalizirani glagoljski rukopisi dostupni su za pregledavanje na portalu Glagoljica.hr.
Rukopisi na latinici

Od rukopisa na latinici u fondu Knjižnice nalaze se i osobito vrijedni De Sancta Trinitate, rukopis djela crkvenog oca Hilarija iz Potiersa iz 15. stoljeća (pergamena) te izvorni rukopis djela Adriai tengernek sirenaya iz prve polovice 17. stoljeća (papir) kao i mnogi drugi.
U fondu latiničnih rukopisa nalaze se i originalni rukopisi poput Mažuranićeva epa Smart Čengić-age te njegove izvorne dopune Gundulićeva epa Osman.

Djela naših velikana koja se nisu uspjela očuvati u originalu ovjekovječena su u prijepisima ostalih autora. Tako u fondu imamo vrijedne pijepise Gundulićevih djela Osman i Dubravka, prijepis Zbornika pjesama Marka Marulića u kojem se nalazi i sačuvana Molitva suprotiva Turkom kao i pjesme velikih hrvatskih pjesnika poput Stanka Vraza, Petra Preradovića, Antuna Gustava Matoša i hrvatskih Iliraca koje su mnogi autori prepisali i očuvali.
Rukom pisane knjige čuvaju se u Zbirci rukopisa i starih knjiga, a veliki dio njih je digitaliziran i dostupan za pregledavanje na portalu Digitalne zbirke NSK.
Pisma
U fondu NSK čuvaju se pisma (korespondencija) značajnih osoba iz hrvatske kulture i znanosti.

Za izdvojiti su pisma hrvatskog povjesničara i kartografa Ivana Lučića, hrvatskog povjesničara, književnika, bibliografa i političara Ivana Kukuljevića Sakcinskog, hrvatskog bana Ivana Mažuranića, slavista Vatroslava Jagića, pjesnika Stanka Vraza i Petra Preradovića.
Tu se nalaze i pisma hrvatskog skladatelja i glazbenog pisca Antuna Dobronića, skladateljice, pijanistice i pedagoginje Ivane Lang, dirigenta, skladatelja, melografa i pedagoga Dinka Fija, etnomuzikologa i povjesničara glazbe Franje Kuhača te mnogih drugih.
Pisma se čuvaju u Zbirci rukopisa i starih knjiga kao i u Zbirci muzikalija i audiomaterijala, a dio njih je digitaliziran i dostupan na portalu Digitalizirana rukopisna građa – pisma.
Rukopisne note

Rukopisne note obuhvaćaju autografe i prijepise skladatelja, što uključuje pojedinačne rukopisne skladbe ili ostavštine pojedinih hrvatskih skladatelja.
Iz fonda Knjižnice za izdvojiti su rukopisne note značajnih hrvatskih skladatelja poput Ivana Zajca ml., Vatroslava Lisinskog, Blagoja Berse, Dinka Fija, Ivane Lang i dr. te etnomuzikologa i povjesničara glazbe Franje Ksavera Kuhača kao i izvorne partiture poznatih i često izvođenih opera: Porin, Ljubav i zloba, Nikola Šubić-Zrinjski, Mislav i Ban Leget.
Rukopisne note čuvaju se u Zbirci muzikalija i audiomaterijala, a dio njih je digitaliziran i dostupan na portalu Digitalizirana rukopisna građa – note.
Rukopisne karte

Rukopisne karte crtane su i obojene rukom. Riječ je o kartografskoj građi koja nije objavljena, a svaki je primjerak unikat.
Osobita su vrijednost atlasi Jaillota, Marsiglia, Homanna, Lottera, Seuttera, Isolario Bordonea, dva izdanja Geographiae C. Ptolemaeusa te iznimno vrijedan rukopisni pomorski atlas Jadrana C. F. Beautemps-Beauprea iz 1806. godine kao i vrijedna zbirka nacrta i planova Osijeka i Tvrđe u Osijeku.
Rukopisne karte čuvaju se u Zbirci zemljovida i atlasa, a dio njih je digitaliziran i dostupan na portalu Digitalizirana rukopisna građa – karte.
Rukopisne ostavštine
Među vrijednom rukopisnom građom pohranjene su rukopisne ostavštine istaknutih i zaslužnih pojedinaca poput Miroslava Krleže, Franje Kuhača, Pavla Rittera Vitezovića kao i obiteljskih ostavština poput onih obitelji Brlić i Mažuranić.